胶回收的问题（续）

wwy551

上个帖子没法在回复中贴图片，所以新发了个帖子。还请版主见谅。
$ q+ k3 s- ?0 V2 r( L如图，左边五条带是摸不同退火温度扩出来的，后面的一条是切胶回收后的电泳结果，应该不是降解，也应该不是PCR产物没跑开切到杂带，毕竟两条带差挺远的，而且我切胶切得很薄，五条带一共切了0.1g。

452359357

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- F8 t  V1 \  a0 m; r可以看出 回收后目的条带还是有的，只是比较弱 且比杂带弱 可能是由于在回收时DNA部分降解了 建议回收后的PCR产物（稀释后）再做PCR  以前我也是遇到这种情况的

wwy551

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+ N: Q6 b7 |7 r, W
其实我并不觉得是降解，如果是DNA降解的话，不太可能降解出来这么单一的一条带，而应该是很杂乱的拖尾什么的。
% @8 O4 {7 g( s; l! V8 c( K$ E4 a" ]# V而且由于之前PCR用的primer就是基本卡住基因的起始密码子和终止密码子，并没有考虑到做巢式PCR，所以很疑惑用PCR产物做模板能不能扩出目的基因

mzaq2006

可以用PCR产物再做扩增的

86964109

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. s( e7 i& D+ l/ p9 S% r是不是那里引进的污染啊，电泳液啊、割胶的刀什么的，按理说切胶回收不可能出现两条带的

langziforever

可以检查一下是不是回收用的buffer有污染！

xiaoyurly

可能是污染导致的，以前也碰到过，私以为是切胶的刀片带进去的，建议如果切不同质粒还是把刀片洗洗干净

LuXK

不知道楼主的问题解决了没有，我现在也遇到这样的问题：PCR产物一条带，切胶回收后就出现了两条带，跟你那个很像。但是非常奇怪的是，连续跑了两次电泳检测胶回收产物，第二次就又正常了，下面那条带又消失了。不知道是什么原因，会不会是二级结构之类的？

wwy551

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8 M7 a: M+ h$ d* y
不知道你两次用的洗脱液是不是相同。我以前出现这种问题很可能是因为我洗脱柱子上的DNA的时候用了DEPC处理过的水，这个是酸性的。洗脱下来的DNA跑胶，很可能因为DNA本身和电泳液之间PH值相差很多，跑出来看似不正常的大小。

huangcong1988

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" Z8 B8 }. P9 c; M  X/ ?# [9 ?  z% J) r+ ?
建议用回收产物再扩一下你的目的基因，这样的话，扩出来应该比你回收前条带会亮一点，你这个杂带的话，不会影响你的扩增结果的。