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[讨论] PCR中最佳退火温度   [复制链接]

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楼主
发表于 2011-7-1 03:15 |只看该作者 |倒序浏览 |打印
在做PCR时都免不了要摸一下最佳退火温度,如果想偷懒当然可以都设成55度了或是根据引物合成单的建议选择,不知道大家是怎么选择的,指点一下
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沙发
发表于 2011-7-1 08:35 |只看该作者
先定一个然后 根据实验结果在优化啦
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藤椅
发表于 2011-7-1 08:50 |只看该作者
师姐跟我说按照引物设计时的TA值就可以
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板凳
发表于 2011-7-1 09:36 |只看该作者
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同意楼上的观点,一般按照引物设计的温度即可,合成单的温度有时候有点差异,可以根据设计的温度情况优化退火条件。
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报纸
发表于 2011-7-1 10:09 |只看该作者
我一般用自己设计的Tm
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地板
发表于 2011-7-1 10:15 |只看该作者
现在很多设计软件都能给你Tm值,但是由于所用算法不同,Tm值也会相差很大,一般来讲,PCR所用退火温度低于Tm值5度就可以了,值得注意的是,两个引物的Tm值不要相差太大,否则肯定对扩增不利!如果这样设置还无法得到满意的效果,建议你摸索退火温度,其实就是多做几管PCR而已,现在很多的PCR仪都可以设温度梯度,所以其实也很容易。在保证有产物的基础上,如果有杂带,而你的PCR产物对于提高退火温度又非常敏感,你可以尝试touch down PCR或者hot start PCR,需要自己去搜protocol吧!
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发表于 2011-7-1 11:41 |只看该作者
如果退火温度太低, 好像容易P出杂带,温度高了,有时候带会变弱。一般是确定一个氛围,然后做一个梯度PCR,确定最佳退火温度。
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发表于 2011-7-1 13:24 |只看该作者
那最佳温度的判断标准是什么呢

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金话筒 优秀会员

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发表于 2011-7-1 19:36 |只看该作者
回复 pla269 的帖子) z9 Y9 |9 G/ g3 F4 ~0 `9 u
+ ~1 q* T0 ?2 v1 q8 I6 H. P% Q
1无杂带
9 [' }4 O$ E0 \0 f2扩增量高
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发表于 2011-7-1 22:49 |只看该作者
有好图吗,说明一下
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