请教mi-RNA茎环法设计引物

runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。/ W3 `) [$ |3 t9 S9 ?# d
版本一：查到以mir-145为例的帖子2 j9 D7 S: a2 j0 t; T
              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。2 Z' [) @+ ~+ j& d* z* z
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。
; _  u0 K5 b; |+ ~! p  P: g        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG
( w# n. |7 T. _$ n版本二：应用似乎更加广泛
6 B; q0 X) p8 X8 g8 P4 C' F              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。( k5 M% p' i. M3 G9 Q, w

7 e% ]- w4 B+ ?0 i2 C4 k              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。
3 S4 n' z* |$ \) g9 H$ H! n              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT
5 |% T: K/ {9 d. ^困惑ing...
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& h3 N& z* H" ~6 h这两个系统原理一样，不知有何优劣。% f$ O2 F5 `; {% j* l$ m, Z
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mckf111

昨天才订购的第二种方法 下周应该有结果 你可以两个都合成试试 都是短引物 不贵
7 G- S0 Y$ p9 X' Z另外 请参考这篇文章method中我的标注部分
4 r  ~( Y/ f6 U) a7 O 09-07-引物在其中刘云婧MicroRNA-9 inhibits ovarian cancer cell growth through reg.pdf (506.72 KB)

2011-4-13 20:46 上传

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runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。/ \) l* M/ C' N
版本一：查到以mir-145为例的帖子% ~5 A! i& W; e
              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。8 n& k! Q% c6 J) V
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。: F- a3 f- m2 n# @  {& q
        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG; S2 ?3 l( k0 V5 L$ ]
版本二：应用似乎更加广泛( G! e+ l8 i3 q
              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。
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runsong

自己顶

runsong

悬赏没人要？！; ?" V2 e0 Q- u

xuyq706

我们实验室用的第二种方法，一个学姐告诉我的。至于各种方法的优劣，不清楚。

tanguixiang

有很多做小RNA荧光定量检测的公司技术手册上有很好很详细的技术介绍，可以到相关网站上去看看

mckf111

回复 mckf111 的帖子# C, Y6 \* Y1 x& e

  K: n  U8 B3 ~* `3 ~我用第二种方法 已将miR扩出 但U6没有扩出 因为我在文献给出的引物基础上修改了一点 现在重购引物准备再把U6弄出来

runsong

回复 mckf111 的帖子
/ K0 y6 e) d- f/ c5 S
$ O/ X! f. p; C4 _' W* c可以用5s，要是你还没解决的话我把序列发给你

runsong

回复 mckf111 的帖子
( T& l' y( t, s; n; q* Y& X( y( X/ f' X2 a0 a% H
第二种方法上游引物的通用序列是啥？