请教mi-RNA茎环法设计引物

runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。
6 a8 ?9 Z! l3 q  X) c1 z" L  E版本一：查到以mir-145为例的帖子4 `( \& C- g) A
              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。
: D% @4 o8 C$ |9 U6 l              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。6 V; K3 O7 x, J$ \$ ~
        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG* ~& Y" E& e3 O2 X1 {& \
版本二：应用似乎更加广泛
$ I" x6 S% o$ ?& B              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。# b* J& m' x2 M2 d1 G$ ]+ f% [! v
( l) b' a% B9 U; S0 w) s
              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。* ^6 t) U  H; R6 Q( y
              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT3 b2 K$ P4 c+ J
困惑ing...
: x( E9 m4 F2 M4 P/ }. ~8 T8 f- h8 y9 C+ p# {
这两个系统原理一样，不知有何优劣。
" G8 D' f8 m8 R8 ]! x
- l! u' m+ p0 @- B6 X

mckf111

昨天才订购的第二种方法 下周应该有结果 你可以两个都合成试试 都是短引物 不贵
9 L4 x2 ], ?/ Y( F另外 请参考这篇文章method中我的标注部分
; _# L4 A1 ^+ h* ]" U( ~, o# N 09-07-引物在其中刘云婧MicroRNA-9 inhibits ovarian cancer cell growth through reg.pdf (506.72 KB)

2011-4-13 20:46 上传

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runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。
5 @4 l9 z/ f2 _版本一：查到以mir-145为例的帖子; O. q( I7 n# @/ d
              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。9 v4 b  Q/ q4 ?0 f- O; O" t
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。
1 G" e0 H& \. K        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG
% f. v& p, k. A- r版本二：应用似乎更加广泛4 i8 b7 F* f- ]% S0 v- E6 E  a
              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。
8 Y+ c9 b' o% y              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。
# i1 F% _5 L# J. l/ q              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT2 L' H- I- ^8 z6 i' z0 e
困惑ing...1 L! s% m8 o- H1 ]% f- r

* k9 J2 y( a* f" N1 a这两个系统原理一样，不知有何优劣。7 P) F7 D" d' {5 [$ q, n

, J7 U, h, |' ?3 X! S7 Q* f

runsong

自己顶

runsong

悬赏没人要？！8 r9 V, z6 V. w" y, z1 n- e

xuyq706

我们实验室用的第二种方法，一个学姐告诉我的。至于各种方法的优劣，不清楚。

tanguixiang

有很多做小RNA荧光定量检测的公司技术手册上有很好很详细的技术介绍，可以到相关网站上去看看

mckf111

回复 mckf111 的帖子$ ^. }% ]# P# o

. H7 m) A; H7 t8 f我用第二种方法 已将miR扩出 但U6没有扩出 因为我在文献给出的引物基础上修改了一点 现在重购引物准备再把U6弄出来

runsong

回复 mckf111 的帖子* O4 y* E1 ~, t. x. T# p% i1 k
6 Q6 @% u5 H% @5 t' E  {
可以用5s，要是你还没解决的话我把序列发给你

runsong

回复 mckf111 的帖子
  ?! K$ B( D0 F& o6 }8 F& {
3 A: z( F4 \" |  A5 R) G6 T6 R第二种方法上游引物的通用序列是啥？