用引物序列寻找靶基因

gact

请问：- W5 M+ X5 F' Q
已知上下游引物序列，如何才能找到引物扩增的基因信息？
. E8 r& }$ y* E7 a' J; P% M
" ?( h6 J  H  j" s- ^3 s. A例如：
% c8 [7 I* ]/ OF: CAGGTGTTTGAGGGTAGCTC
$ m, |; q! Z- d7 d- a( MR：CGG TTC ATC ATG GTA CAG TC
6 C( s3 J$ V9 t  p. ~% J请问，扩增出来的是什么基因？
9 u9 |7 d7 o5 q0 @3 G

cyberpig

Primer BLAST就可以做的到，最好填organism的時候選好是homo sapien/ mus musculus或其他，更節省時間。
$ O3 _/ r; s6 g' q5 [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

gact

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1 }: ~( p1 ^1 c
. S) o) B' S8 f$ H2 _5 n  T0 `这个是设计引物的，必须要输入已知的基因序列，然后返回引物序列。
" G% T1 _# E0 N: [7 B0 E& `' i3 ^6 T' A9 G6 o3 L4 V' s- c; d2 \

gact

        Sequence (5'->3')        Length        Tm        GC%        Self complementarity        Self 3' complementarity) c0 z6 s+ S) }! k/ H5 H
Forward primer        CAGGTGTTTGAGGGTAGCTC        20        57.90        55.00        4.00        2.00
4 R6 }* T# `& z  r7 xReverse primer        CGGTTCATCATGGTACAGTC        20        55.96        50.00        5.00        1.00

cyberpig

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: i5 O9 t- K1 n( t( F8 W5 {' T9 ]
/ ]2 P" @3 M! ]  c; W你也可以把你設計好的打進去forward和reverse的位，再查。你試一試吧。

gact

结果不匹配：
: r* r. f6 U$ x  B' }) B5 Q. y0 a
% i; h, o) A7 t" \- gProducts on target templates
9 u& T1 E& r* A% V0 O>NM_001168646.1 Mus musculus solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter), member 18 (Slc6a18), transcript variant 6, mRNA
# d9 x# V: J# n6 o* r5 E+ S8 L" Y0 n9 D" y! ]/ O. H
product length = 2403/ o# I6 t0 J4 k) x- x) L6 S
Reverse primer  1     CGGTTCATCATGGTACAGTC  208 Q" h0 k  N1 e( o' Y' F7 T) J
Template        2488  T...GA.A..G.........  2469# p2 g, H. ~. h  s4 M7 \

3 c1 v* e1 O$ g: _# KReverse primer  1   CGGTTCATCATGGTACAGTC  20
. P4 f0 a/ \0 a3 z6 c5 l6 PTemplate        86  .T.C.........C....G.  105

gact

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- k; i& L- q0 h$ A# z7 d1 i2 @/ U& p! E
原来是需要完整的上下游引物序列，，只有一条引物，是不能出结果的。。

cyberpig

你決定是homo sapien的sequence嗎？

cyberpig

1 k2 I: R8 @( s1 C. }6 j& w, f8 G- r( Q' B1 G) i- ?
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, Y" `; Y: n2 b1 V- X6 d' x6 h* ~3 v& N& c2 ^8 b- {
有時候是這樣的，因為taxonomy那有很多不同strain的mus musculus，有些基因的序列會有些不同。而且預設的是mRNA sequence database。如果你是做genomic DNA，又可能不同。

cyberpig

回复 gact 的帖子9 W" z# ?6 W" g6 X& q# e
. s) W+ d) I" o& a" x* D% t
你看，當你選genome mode時& g& U6 |; ^, K5 J- s0 m

* k: j3 i1 z! h7 M' Y; i' J% e- ^>NT_039353.8 Mus musculus strain C57BL/6J chromosome 6 genomic contig, GRCm38.p1 C57BL/6J MMCHR6_CTG4
0 o/ X2 `3 }) n0 I6 Q7 q& p! v- y3 f. A

* j; S: z, _% N5 _) q4 @product length = 223  H4 p+ g- v  L/ X
Features flanking this product:2 Y$ N. e; T! r% [8 M
   808 bp at 5' side: homeobox protein NANOG5 G* x; a- S- u. q" z2 y4 w
   15346 bp at 3' side: solute carrier family 2, facilitated glucose transporter ...
: W5 ~8 I0 G) |, y0 o
7 ]0 W9 a; c; \% `# [Forward primer  1         CAGGTGTTTGAGGGTAGCTC  20
6 L, G, ]5 @+ K0 p- R7 p0 vTemplate        91911551  ....A...............  919115703 N/ `3 U$ B7 q, F9 c
' e9 y! \$ L; x! }5 R
Reverse primer  1         CGGTTCATCATGGTACAGTC  202 [+ g, X5 q8 v/ C! b. @9 w! ]
Template        91911773  ....................  91911754! a8 z1 u( s/ T

6 U/ {% q- U% O5 M: M5 ~+ }* e7 E