FISH探针设计？？？

ambassador

请教问题：FISH的探针设计有哪些方法？
, p0 M- T" J0 |2 r* O( t" I以下是坛子里搜索到的：
. k, S2 L- ~! w- L4 ^6 qhttp://www.stemcell8.cn/forum-vi ... highlight-FISH.html
( R3 E! u" j* d1 L. whttp://www.stemcell8.cn/forum-vi ... highlight-FISH.html
( |4 w1 H: E' ?4 r  A- j/ l
, f8 {/ K/ a7 Y& `. ?# n% U" K我设计了30bp的单引物，在5`标记了FITC荧光，请问这个方法可行不？

neige007

看一下……

weiyepan

回复 ambassador 的帖子
3 @0 Z5 m  E# ?9 J6 t8 v6 h% Z! G- @2 Q% m: p9 }4 ^4 D$ C  N
首先，你应该说清楚你是用来干什么用的探针。, P: d- M% W0 M2 Y/ D# C1 v7 S1 N+ M
FISH有很多种，现在用的最多的是做chromosome的，但是做cRNA的也有，做小分子RNA的也有。
; d0 K) m; z* O. J+ X标记5‘端的一般就用在小分子RNA标记上，丰度足够大所以单个信号不需要很强。' Q% A( B% W) @2 _/ S7 A$ b
如果要检测chromosome的需要整个基因段标记，长度要10K以上清晰度才够。

ambassador

weiyepan 发表于 2012-7-11 22:07
: W4 e7 r( T( ^: Q1 o$ N, G- W回复 ambassador 的帖子. q1 h( v# R, ]  Y3 }( Q/ y

  n2 n0 I2 O" I6 \0 L+ b- a首先，你应该说清楚你是用来干什么用的探针。

0 D# l, ?) _! e( }- `5 a# \是检测chromosome的！我们需要达到的要求是看在整个染色体水平上该目的基因有多少个拷贝，分别位于哪些位置。。5 @0 J9 k$ L. `) j7 y  U
这种探针的设计流程您有吗？

weiyepan

设计流程我没有的，但是一些商业网站上都有设计方案，有些是免费的，但我没用过。( z9 v5 ?2 @$ v, H8 j1 H2 `
你要检测的基因长么？如果不长的话可能有点麻烦，信号不够。) e7 u) J! E, i7 \
我设计的经验是可以先上NCBI上blast看看你的基因有多少拷贝啊，有没有和其它基因overlap啊，intron区如果特异的话也可以用来标记。如果长度不够，就只能提高单位长度的标记密度，这样的话有可能会降低Tm值，也可能会增加合成难度，要具体问题具体分析。