TESS-转录因子预测之利器

runsong

  e) k7 y3 w. S7 J- K3 `& J0 T5 [/ Y: a$ d) @
这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。3 @( x0 ~$ G, x2 G
我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。1 ]! S; l& d' _/ X1 F
TESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  
  l4 V1 J5 i' y* a2 X) X- k最简单的用法如下( J& u2 {: z) f3 i' W: C) Q5 P
如图1：打开网址后，点击 site search
) G0 m* p& N: I# }! Y如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit
: `1 N' R! j! ^7 z% Z如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。
9 ^# f, q0 j2 K1 t4 J% G( B. C如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。
  R- e. x$ Q' \* H* a2 @7 a) V( I( ?# J' V
其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

军医

好东西

fhysqweqwe

希望有用

goodboy

好东西是好东西，之前用过，导出的结果太多了，很难取舍，如果要做的话建议用两个启动子分析软件相互印证。

pharmacology

好东西啊！TESS怎么选择它最有效的TF.

biotly

好东西~

snsjw

回复 runsong 的帖子
* D1 A) d% O* J% J
9 e+ {+ }  p6 Z' {6 m. u6 N: R如何解读结果呢？分数多少算是高呢？

开明陆吾

我顶顶顶~

gmcsf

回复 pharmacology 的帖子; x$ u4 J  Q' q+ v( q! [1 X; t: N
' e2 M6 P. k8 m( L# }" e
是啊 TESS可以查看哪些TF是activation or inhibition吗 怎么查看的

gmcsf

回复 runsong 的帖子: O# ]1 ~2 Q1 Z, D

9 z1 Q( \5 k% a+ _  P( p! R请问下TESS能预测哪些TF是正调控还是负调控么？如果能怎么看？