设计测序引物有什么要求？sense primer和antisense primer 都是要成对吗？

军医

primer 5设计时要选sense primer 和antisense primer或 both ，这有什么区别吗？

亮亮燕燕

引物设计原则.pdf (459.13 KB)

2011-3-19 09:28 上传

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军医

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5 }$ g" X5 U5 A* m8 g' ]5 k
8 y7 P' C, Q& K  o1 Y* n这是一般PCR引物的要求，我是想问测序引物的要求，与普通引物的不同。

亮亮燕燕

不太明白，你测序是自己测吗？我们都是送的公司去测的，一般片段1000bp以下，就选择正向测，给人家正向引物就行了，你想反向测就给人家反向引物就行了。一般片段比较大我们才用双向测通的这种。不知道你们是怎么测的？

军医

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3 \& T6 |! M1 {  D( d' z5 z# s1 J, J* o7 K" E" F  a) v9 l+ e
我不是PCR扩出的片段，而是合成的片段，所以没有上下游PCR引物，载体上的通用引物不符合我的要求，所以要在通用引物的上游重新设计测序引物。

亮亮燕燕

序列知道吗？知道的话再设计一对！不知道的话！嗯。。。你的序列是保守的吗？是的话应该也能设计一对吧！不会序列一点不知道吧！

军医

回复 亮亮燕燕 的帖子9 J+ f& O, A0 w& p' s  N" C# F# `
$ p# l+ T5 p6 G& j- T  j1 @
当然知道了，没设计过测序引物，所以在设计之前要问问和测序引物有什么不同的要求。

亮亮燕燕

哦！应该没有特别的要求吧！我们平常测序不也是自带引物吗？

王乾

任何PCR引物都需要成对纯在的，因为PCR的过程始终是以DNA单链为模板，以其中的一条引物为其实，沿着5‘到3’的方向进行的，设想一下如果只是一条引物，那么生成的DNA产物长度将没有限制，换句话说就是无限长，所以引物设计时一定是根据你产物的情况来确定引物的位置，设计一对引物对着P,这样才能得到想要的产物。

狮子头人

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1 u9 G0 {) o  Y$ l( e+ b不会是无限长吧？
/ V) ~6 o7 N1 x只不过是扩增效率变得很慢而已？不知道您同意不！