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本帖最后由 runsong 于 2011-9-12 22:18 编辑
+ `6 L" C, A5 {/ {# m$ e& X3 R) b, D3 a: J9 \
这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具,可以预测与启动子区域结合的转录因子。
/ s9 V1 _+ z- l! H6 k我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站,虽然刚刚入门,但感觉不错,希望与大家分享,也在此抛砖引玉,望老手不吝赐教,同辈交流切磋。0 f9 C. g& a/ ^, V
TESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统 网址:http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
1 y5 U% U* [5 |" \0 B: z1 P1 B) u最简单的用法如下
: E1 m% i+ m: G如图1:打开网址后,点击 site search: l7 v D- `& w' [# a
如图2:我是以CMV启动子为例说明用法,在2-1上输入序列名称;2-2上输入CMV启动子的序列;2-3中是网站保存预测结果的时间;2-4中输入你的邮箱地址,预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit$ I6 i4 @5 F. j1 S, P1 X
如图3:之后的界面,此时预测结果已发送到你的邮箱中,如图4.有两个链接,第一个打开网站上的结果,第二个是结果的excel版本。
/ d: E; f) Q5 i) E4 X如图5:打开链接的界面,是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在 Poisson Significance ,点击它,界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。
( Q9 R* j I2 e# N }7 Q! z `/ \- F3 l
其实网站上还有很多功能,我只会这么一点。详细用法可见附件文章。 |
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