请教mi-RNA茎环法设计引物

runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。
7 ?+ r# o' t; t9 b版本一：查到以mir-145为例的帖子
9 Z7 t4 H( g7 U8 H              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。* J( }" R6 e, X6 K
              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。/ ~0 {. E/ g2 z3 _/ T& Y
        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG
  [+ n: \+ |1 L6 I* m4 C版本二：应用似乎更加广泛
7 k( i% [0 b" f% W              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。
, i: O" r9 [( d+ |
. h8 f8 r# f. Q0 d7 `8 w4 C              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。
" i  U4 v4 N5 ~4 `              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT
0 O  T) x$ i$ l* g4 N" s2 v$ ^* E6 X困惑ing...! E: T8 g+ U# `7 e4 v# q) I

) y  m# ?8 `4 F# p  ~这两个系统原理一样，不知有何优劣。
& i: I3 q; {3 h* {6 o
, R; U  }) R- ]3 U

mckf111

昨天才订购的第二种方法 下周应该有结果 你可以两个都合成试试 都是短引物 不贵$ l( G, D* Q- ~- }0 a
另外 请参考这篇文章method中我的标注部分
, b: G; C# b- } 09-07-引物在其中刘云婧MicroRNA-9 inhibits ovarian cancer cell growth through reg.pdf (506.72 KB)

2011-4-13 20:46 上传

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runsong

预用stem-loop法做RT设计micRNA引物，网上和文献里找到了两个版本的，不太一致。
7 ?2 W) ~' w, Z- s版本一：查到以mir-145为例的帖子( Y" l% Z+ ]+ T+ o& V
              反转录茎环引物固定的序列为：5，-CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数八个碱基的反向互补序列。
6 _9 S7 _% h: l2 j              PCR正向引物固定的序列为：ACACTCCAGCTGGG，在这个序列后加上于成熟体除后面六个外剩下的碱基序列。# x4 D6 D) R; W7 g; d2 v
        PCR反向引物为：TGGTGTCGTGGAGTCG( i. _* C: |( ^: q1 N) ^* x+ k8 B
版本二：应用似乎更加广泛4 ^" U$ }! F# w$ z- f
              反转录茎环引物固定的序列为：5-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC-3，再在后面加上目的miRNA成熟体从后面数六个碱基的反向互补序列。
* H' A4 `% b9 A              PCR正向引物固定的序列叙述含糊，多为成熟体去除后面2-8个碱基而剩下的序列。
) r0 Q8 j3 h+ s* n+ J8 M( I              PCR反向引物为：GTGCAGGGTCCGAGGT( g: x5 z( o/ l! N* p% Q5 `
困惑ing...
; u& B. v! Y; Q# j/ Z
# g1 n+ {7 ?% i+ r5 K这两个系统原理一样，不知有何优劣。
' E  ]- c2 P3 A; Y5 T8 a3 {5 g& ~0 Z) h- O* u

runsong

自己顶

runsong

悬赏没人要？！
; c- L9 R! [3 m: H7 S

xuyq706

我们实验室用的第二种方法，一个学姐告诉我的。至于各种方法的优劣，不清楚。

tanguixiang

有很多做小RNA荧光定量检测的公司技术手册上有很好很详细的技术介绍，可以到相关网站上去看看

mckf111

回复 mckf111 的帖子% E2 p5 V( t; Q" Q; I1 w! ~
" p- t" y, ^/ L4 ^; |2 p* M) {
我用第二种方法 已将miR扩出 但U6没有扩出 因为我在文献给出的引物基础上修改了一点 现在重购引物准备再把U6弄出来

runsong

回复 mckf111 的帖子8 @" o. H! A; \/ I

8 {- Q  A. S$ ?) X( ~9 ^# {可以用5s，要是你还没解决的话我把序列发给你

runsong

回复 mckf111 的帖子
' i/ C' c& b6 a. t5 x
0 T9 ~& V$ X, y第二种方法上游引物的通用序列是啥？