重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

Tlexander

小编发现生物学家特别关系基因的表达情况，但一般而言目前的表达数据主要有两种（芯片和测序），芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低，但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了，那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢？1 j$ b* `5 h* v# J8 H8 C3 P2 Z# a3 ~
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10<RPKM<100被认为是中等表达5 Y* L& _9 M$ K* c9 {/ q- |$ [& |
100<RPKM<1000被认为是中高表达6 j, {( j9 K1 @6 ?- u
1000<RPKM 被认为是高表达
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9 y" f/ `+ w% e7 M' x现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧，再举个例子：$ z: K; K' ^8 g- z3 L1 r

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* _: Q0 O3 n0 X0 s! R0 l- {) L如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达，在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中，显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症，如此以来，大家就都明白了吧。* Z' |; N8 E- i" `1 \

8 o# W. j: m( x( [; P5 ?4 X- [" r转自微信号：表观遗传学快讯
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