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重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

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优秀版主 金话筒 优秀会员

发表于 2016-8-13 08:57 |显示全部帖子
小编发现生物学家特别关系基因的表达情况,但一般而言目前的表达数据主要有两种(芯片和测序),芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低,但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了,那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢?
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# b3 M! {, B2 y: a' {5 |9 _根据经验:
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0<RPKM<0.1被认为是不表达,: j3 D+ k* v  ?2 y
0.1<RPKM<1被认为是非常低表达,
/ L( e" _( a0 Y& U1<RPKM<10被认为是低表达,2 U! O8 {8 ?( ~* ~# N
10<RPKM<100被认为是中等表达
9 x/ z2 Z" U; w7 A" n100<RPKM<1000被认为是中高表达
6 Q2 f5 v; ^9 r' j4 J& h, m1000<RPKM 被认为是高表达
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现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧,再举个例子:& W& a" j. e. L1 q& O" L4 X
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如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达,在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中,显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症,如此以来,大家就都明白了吧。0 U  o6 m. i9 j

4 e/ o' @* g; h转自微信号:表观遗传学快讯" Y2 M- L" [. x& o# O: s0 h
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