重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

Tlexander

小编发现生物学家特别关系基因的表达情况，但一般而言目前的表达数据主要有两种（芯片和测序），芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低，但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了，那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢？
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根据经验：
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0<RPKM<0.1被认为是不表达，2 ~% m8 M+ }' K: Y
0.1<RPKM<1被认为是非常低表达，5 a( v" r  H: ]% Y$ m. K
1<RPKM<10被认为是低表达，
& R7 j0 B3 g5 N. [+ x5 a1 o10<RPKM<100被认为是中等表达
1 y& G; y$ G, e7 B1 O! Y# R, M100<RPKM<1000被认为是中高表达, W  E7 }" m# Q; |$ a
1000<RPKM 被认为是高表达
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现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧，再举个例子：4 V* ^& y$ {  n" u
5 B# Q# m& S% `# P5 y7 j
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* K: F( M9 x' p6 r/ J# f  h如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达，在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中，显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症，如此以来，大家就都明白了吧。
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; P; K7 y% F3 G8 c转自微信号：表观遗传学快讯
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