重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

Tlexander

小编发现生物学家特别关系基因的表达情况，但一般而言目前的表达数据主要有两种（芯片和测序），芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低，但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了，那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢？- v2 }  K3 q% C- Q/ m
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& O, r5 b! C" d8 w& v根据经验：
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, m- D9 r5 n' H: o. p7 Q4 A* \; H/ m0<RPKM<0.1被认为是不表达，, b% e1 K9 ]* D4 [- z+ D0 g" n
0.1<RPKM<1被认为是非常低表达，' ?) x( X/ }. X6 L# K- h6 Q. y( s
1<RPKM<10被认为是低表达，7 m& G& |  Q% Q% F8 z
10<RPKM<100被认为是中等表达( p& |% A- j% [( d
100<RPKM<1000被认为是中高表达4 v' |+ |$ M& G+ x( I
1000<RPKM 被认为是高表达
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9 K' g9 a( M! X' }& @现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧，再举个例子：" q* D) n3 N" `" l
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$ @' V* K/ U3 `$ U如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达，在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中，显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症，如此以来，大家就都明白了吧。6 f" k" F; c0 T$ p6 K  j" f
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转自微信号：表观遗传学快讯
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