PDF电子书：生物软件的选择与使用指南

xingyuwu

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shirley635

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ellapan

应该简单介绍下 我们才好知道文章质量的高低

ellapan

& K, c' u+ u  t3 m7 x4 Y0 v3 ^
, Y' P( y: c. @" v  R$ b2 {看了一下 对于不是生物信息学专业的基本没用 因为好多软件其实对于一个从事分子生物学的学生来说 好像有些old! V: v% i6 l% i: L" A3 j
内容简介( \$ T! t. E/ q1 B6 t1 u# _
本书提供了生物软件的选择、获取和使用建议，旨在为生命科学工作者更好地开展自己的研究工作打开方便之门。作者在撰写过程中，体现了下列特色：
9 o1 ?, ^/ G; Z0 t, r6 _所涉及的软件以免费软件资源为主，包括本地软件和在线软件，亦包括部分使用广泛的商业软件。; h" j0 ~1 t8 f$ _+ b
所涉及的软件范围较宽，如核酸序列分析、蛋白质序列分析、蛋白质结构分析和新药设计等。4 f! u$ ~  u* [' g/ [9 ^
所有类型的软件均提供了典型实例，且这些实例均在计算机上实际运行通过。
1 D* ], K' n! C2 F本书可以作为生物类专业的本科教材，也可供生命科学、医学基础和药学等领域的高校及科研院所研究人员参考。 , \$ x, V5 ?+ k! |: m9 j' L

2 ?! l# e5 u# r# r( Z/ |( v) t0 x, o' }4 q7 c8 |; h
目录
5 i) e7 y8 [; p: ^第1章 生物软件选择指南
# T! ]3 f0 b! Y/ S. O1.1 生物科学工作者常用软件3 g% M$ y, f# L4 m/ f
1.1.1 实验准备阶段
5 T0 t! @  ?( v4 w; E* e- O8 b1.1.2 实验实施阶段
+ ^" Z  S% W# [7 m, _1.1.3 实验结果输出阶段* c) l* ?2 T% q- P; o) |+ X( P
1.2 因特网上的生物软件资源
% h& y; a7 y; p2 Z5 c8 T0 g$ _8 r7 b1.2.1 通过搜索引擎进行搜索
- M8 E% k+ O/ Z' x1.2.2 通过生物信息学数据库进行查找
- |  J9 N; h+ w- k+ [1.2.3 通过生物资源主题网站进行查找) G$ B3 E, s+ H5 K# ~: z+ q" u2 ]5 X
1.2.4 软件的索取、安装及使用
- ~, n' V0 L4 e$ M0 I第 2章 综合序列分析  O: T% D$ s: \# o0 U8 D
2.1 综合序列分析软件Lasergene0 \5 L" [6 f. W3 v/ M( |3 J; v
2.1.1 引言9 ]" O. v; m, g) _4 r- Z  z
2.1.2 用GeneQuest发现新基因0 D/ }8 _/ x0 k/ A: a6 k0 g& r2 z
2.1.3 用Protean进行蛋白质结构分析' Z  v" H) d+ Z. i
2.1.4 用MegAlign进行序列比对和构建进化树
0 a: C# c9 n/ n: l1 W5 P* l1 l2.1.5 序列组装、引物设计、限制图谱和序列编辑
4 J1 [  h+ ?% z: w. p2.2 综合序列分析软件BioEdit) y- b7 z2 k: [4 M
2.2.1 引言
' o! \. s  g' y% |2.2.2 File：文件菜单
) Y$ ]  j: C: _) D2.2.3 Edit：编辑菜单: Q4 }, e; [6 d
2.2.4 Sequence：序列菜单
$ C9 K; B: L* [2 E; K2.2.5 Alignment：排列菜单" Y( M2 V  g1 X2 z# V
2.2.6 View：视图菜单
& N! G8 i( Y! b4 M9 f+ R2.2.7 Accessory Application：应用程序菜单0 f/ c& L2 n( m# N( M3 @; ]% f/ Q
2.2.8 RNA：RNA序列分析菜单
! W( K' q. w9 g7 K1 v9 Q# x2.2.9 World Wide Web：网络菜单5 t2 a% v0 ^" O' a9 F0 u; x) Z
2.2.10 Options：选项菜单" u$ U0 A' `6 D' x, X
2.2.1l Window：窗口菜单. v7 _) {4 V5 f# l2 {" D) j) X$ v
2.2.12 Help：帮助菜单
( Z, f, S, A  g3 p% N6 n7 l2.3 综合序列分析在线程序/ L& d+ k/ B2 p6 A9 ^
2.3.1 EMBOSS
6 t8 C9 V! o, Q7 L3 A1 Q2 X2.3.2 SeWeR
! H5 g# ?" [+ d: B! u4 b, P$ u参考文献) Y, l# \  f% k6 D/ q
第3 章 用BLAST进行序列相似性搜索, B0 K" b2 q6 v8 g6 T. d2 `
3.1 引言
" d, `. r" w9 L- X3.2 局部比对搜索基本工具BLAST
+ h0 N8 {& G3 Y7 D5 Y3.2.1 BLAST简介
: b2 P- o) u2 J' Z3.2.2 BLAST检索的基本知识" i7 C# Y, d+ L; M
3.2.3 BLAST检索工具的分类
* i6 W0 q% p/ v. B4 o8 |2 _3.2.4 BLAST检索中采用的数据库& R9 V3 F; Y- F( Q
3.2.5 BLAST检索的步骤9 x& Q1 n' l+ B( ]
3.2.6 通过BLAST搜索发现序列的生物学意义
% p4 I- `4 A; w: A3.2.7 用BLAST发现新基因5 V, h# Q0 G3 F+ l4 M$ L
参考文献
9 s) j: a+ E$ R) t/ z! _" _) N第4章 用Clustal(X／W)进行多序列比对5 q% t( e; f. K
4.1 引言
2 N2 Z6 Q# I8 D4.2 Clustal X2 h2 u$ a2 k- {, b0 ?1 k
4.2.1 Clustal X功能详解
. K1 ?% {; Z5 T: ]4.2.2 用Clustal X进行蛋白质多序列比对4 Z4 h( B4 K* |5 N5 v% K
4.3 Clustal W. D4 h1 O8 a2 F, }, B  `) p
第 5章 进化树构建% u' e, i* ~6 c4 }) A$ R; K7 j
5.1 引言
. z) m! J5 _/ f1 z; p% E) d" p5.1.1 进化树构建的基本程序
, ?+ ~% n7 j! S7 k0 v& \8 q( H8 F7 W+ ?5.1.2 进化树构建的方法选择2 T% Q0 X6 k7 p$ f8 Y( u
5.1.3 进化树构建的软件选择* S/ D& ]+ ~2 A1 `
5.1.4 数据分析及结果推断
% ]8 j8 O$ f' e5.1.5 总结1 I- J1 g" c2 o
5.2 PHYLIP——免费的集成的系统分析软件包
2 e- p6 h% N( }& l: a1 K8 r4 D5.2.1 概述
1 i. Y- h+ J. {" w3 H5.2.2 实例：用PHYLIP软件包构建GPD蛋白家族的系统进化树( W/ A, z! i. ~$ C, O; k5 F
5.3 MEGA4——免费的本地建树工具4 o- o! P  y0 F; m- q1 I# C
第6章 序列格式转换- \7 t# [# ~0 J' `. W
6.1 常见的分子序列格式4 F5 y) K1 x# s. |/ b
6.2 序列格式转换软件3 h2 {' l5 B. E1 l6 w$ d, D8 D
6.2.1 SeqVerter 1.3
! p5 u4 {+ @3 Z2 \8 y, L6.2.2 ForCon 1.0
7 z2 W, _  G$ B/ ~6.2.3 序列格式转换在线程序READSEQ
' U$ c7 Y% C2 i; B9 ~- [第7章 序列信息递交2 `9 B: `# h8 x6 P  u
7.1 引言/ \$ g! k* ]' T0 W! z  r0 L6 v+ i
7.2 用Banklt递交新基因序列3 D' |/ i0 M. E( `1 K$ k4 `
7.3 用Sequin递交新基因序列% P' N9 y9 ^4 W- G0 x
第8章 引物设计
5 f$ y1 @2 W% X3 g8.1 引言
& P& T% V( y' O3 w- X/ h8.2 通用引物设计软件Primer Premier 5.00; y, R( Q# L* x8 [9 X
8.2.1 Primer Premier 5.00的序列编辑窗口
; ?% h5 W0 o/ e2 q! J# m9 w& ?8.2.2 Primer Premier 5.00的引物设计窗口
1 }- N* r; D1 ?8.2.3 Primer Premier 5.00的引I物检索结果输出窗口, T; Y! X6 f  f# ~
8.2.4 Primer Premier 5.00的引物编辑窗口
. z9 [9 R% F! \/ A8.2.5 用Primer Premier 5.00进行巢式PCR引物设计
4 v1 i+ L4 N0 B8.2.6 用Primer Premier 5.00进行简并引物设计
/ }) V8 y, c4 c. N5 X0 Q; W% N) D8.2.7 Primer Premier 5.00的其他功能6 `; e# x& u. U, p% j
8.2.8 Primer Premier 5.00程序存在的不足
! X  c: O+ s* R3 O0 }. R$ n  W& V8.3 通用引物在线设计程序Primer 39 m7 y$ J( w" G2 N% W( ^
8.3.1 Primer 3概述
; X9 t7 Z7 g% w. D7 K5 o/ e8.3.2 实例：应用Primer3设计针对p53基因mRNA编码区的特异引物5 a9 E, Y, _- Y3 ]2 I& e
8.4 简并引物在线设计程序GeneFisher' z! ]! D& K6 ?7 T: R* d( c
8.4.1 简并引物设计过程及原则
! j" i$ t+ l7 T# \  s  `8.4.2 简并引物设计程序GeneFisher
& Q, k& k: u% h. {第9章 质粒绘图
: J3 I, w3 e; y; p( ?4 Q9.1 质粒绘图软件WinPlas
6 {  U( l! h1 v8 X, O8 x! Y( [* F9.1.1 WinPlas的操作界面
- c) R' c6 ~9 A* k" [, X9.1.2 WinPlas的操作方法
- R( X0 h" \! M+ h  L" S) {9.1.3 WinPlas的操作实例8 N. T5 g' u' z, X1 h7 h
9.2 质粒作图在线程序PlasMapper 2.02 I, F! o& t6 ^! \) j. K7 P$ }
9.2.1 PlasMapper 2.0的基本功能与操作方法% Z" @8 w  \: `
9.2.2 PlasMapper 2.0程序运行实例+ ^2 x# ?/ g7 F" r8 `
参考文献  Y; e- v* p9 ~7 ]
第10章 用ANTHEPROT进行蛋白质序列分析1 j) i) {/ c. i* |
10.1 引言1 l5 F, e, p8 [: i5 S; K
10.2 工具栏与基本功能5 `9 l6 z) ?. Q% \* y+ W4 J
10.2.1 工具栏( l: a+ I8 ?8 q
10.2.2 基本功能
" D# G- g) l7 U! z) {10.3 蛋白质序列编辑功能8 }4 H  N6 K5 h( U: |! C
10.4 蛋白质基本分析功能
9 U9 R2 n" u/ `2 C参考文献4 g4 m0 H; E6 j/ x5 [6 q
第11章 用同源建模服务器SWISS-MODEL进行蛋白质三维结构预测
2 k4 {7 m; w) d5 f11.1 SWISS-MODEL; f0 \" Z- c6 [' X
11.2 运行实例：用SWISS—MODEL服务器进行蛋白三维模型构建工作
; @6 K' d' _" v$ |; a# a, W11.2.1 实例之一：用首选模式进行牛血清白蛋白的同源建模与结构解析
9 \. \' T* m# y6 f11.2.2 实例之二：利用项目模式进行蛋白的同源建模
+ k2 D  a9 Y9 j3 t2 _- K4 V! k11.2.3 实例之三：利用比对模式进行蛋白的同源建模2 r& f# p5 O* S/ c: [
11.2.4 实例之四：寡聚蛋白的同源建模
: D0 S& M, ^, W! z, d; A7 G( P- I/ I7 [11.3 蛋白质分子结构预测方法
6 A2 x" Q7 [9 H6 ^  H11.3.1 同源建模( U, i/ ~9 P2 K% i2 {9 [3 J
11.3.2 反相折叠
! H" P+ j& l3 O11.3.3 从头预测( [5 C* g9 A* z& c- L. S
参考文献/ W8 f/ Y% ^" P0 H0 f
第12章 蛋白质结构比对
+ s, z& q5 |/ {% U  I$ z12.1 蛋白质结构分类
, u* f1 I; F. X3 z2 u3 e12.1.1 按结构域分类- `9 a. D/ e; V; V
12.1.2 系统性分类
' @0 C1 _4 X2 F# S3 _! U# i12.2 蛋白质结构比对工具
& d  a7 T! g3 n- Z2 @3 V12.2.1 VAST——矢量比对工具# z; j# K" k. [
12.2.2 DALI距离矩阵(distance matrix alignment)
; J  ?' [+ n( ^12.2.3 Structure
9 ?1 b5 b6 W. \! E- D* O12.2.4 SSAP
$ F8 J; [4 J' Y9 Z: V" R: W, Z第13章 用RasMol／PyMOL／Swiss-PdbViewer进行生物分子三维结构显示和分析, K; H! X: E( e' M
13.1 引言
$ N2 [! `' x6 \% G7 W( q) v13.1.1 分子坐标表示方法: }8 l$ F) L# \2 z' U5 {7 b+ x
13.1.2 分子表面
" |1 o5 J+ E- |) ?( [$ B13.1.3 分子图形显示模型6 p+ R* w4 T: n  {9 D
13.1.4 蛋白质结构测定方法
+ F) ^+ c$ ]" A. m, ^$ x' n13.2 RasMol& \1 C  ^. R/ l
13.2.1 RasMol的操作窗口
) K: i$ W9 o0 |- V13.2.2 RasMol的命令行窗口
- c; l9 P3 \& ~6 j, o# F13.2.3 RasMol应用实例" R- u( b' R5 S7 ]- y" S
13.3 RasTop简介1 J8 U* q" e! O$ `$ b& }: i
13.4 Swiss-PdbViewer4 o+ S: s  V" z" r  k1 a1 Q
13.4.1 Swiss-PdbViewer简介
( j3 {# ?% f7 M9 }( \: C13.4.2 Swiss-PdbViewer运行实例
, r0 K& G8 F2 t4 T! W13.5 PyMOL
2 j: A0 x: E  }  W; L! }3 M9 j13.5.1 PyMOL简介7 W2 T8 x! o0 z& U& |
13.5.2 PyMOL应用实例0 W% U5 S2 }6 I1 t3 Y  \
第14章 计算机辅助基因识别* J; y2 \0 l0 Z$ S& M' x& p0 _  ~
14.1 引言
* M3 x- A2 f# J3 c14.2 GENSCAN——基因预测的首选工具
2 i' n3 E2 x% R2 K! r# d7 T14.2.1 影响GENSCAN预测准确度的因素
: c" Z. O& g) L14.2.2 GENSCAN的操作流程7 \& B) T% f/ L2 }; v. ^) a
14.3 WebGene——基因结构分析和预测工具集
+ K* m' v: C4 X/ t1 ?4 m14.4 GeneBuilder——基因结构预测系统
6 w; ~2 {9 M* m# Q/ V1 K8 S0 \. O. i14.5 ORF Finder——NCBI的开放阅读框(()RF)识别工具
! o$ Z, |9 V1 {9 [: c" O' S14.6 CpGPlot／CpGReport／Isochore——EMBL的CpG岛计算工具
2 D" K8 c+ ]. ^0 s9 n14.7 tRNAscan-SE——tRNA基因识别工具
+ W5 }, [7 C2 b" J$ v; \0 e第15章 计算机辅助疫苗设计: i8 q( h; E- Y$ c" C$ l
15.1 引言
0 a( L1 a4 X- s8 J, d2 B& ^6 H15.1.1 计算机辅助疫苗设计技术诞生的时代背景
4 O* w( B% Z; S# r5 f15.1.2计算机辅助疫苗设计技术的原理与方法2 P- B! j  b% q* Y' x( N
15.1.3计算机辅助疫苗设计的产业前景7 R' G+ T! C; B' Y# [# L
15.2 IMGT工具包0 h! _$ f1 W- j* b" {) I
15.3 蛋白酶体酶切位点的预测
9 U( m/ Z  E% J' @1 E5 c8 M15.3.1 NetChop 3.0服务器* h9 R7 `9 e0 ]+ {; P8 H) B+ }
15.3.2 ProPrac
) {4 }* L2 {4 a8 K: q5 S$ I15.4 MHC结合区域的预测
; b" x# Y5 J* s- C! R: k$ D15.5 T细胞表位的预测
3 u% r$ W5 {! F; x$ h15.6 免疫学数据库; `; B* ?* Z+ }) s; K7 t
参考文献
4 s  _+ b  B1 J. ^0 e! p4 c2 h
% E4 h/ K9 R, M) @
- f# ~! h/ f; A  F / W; t1 e  ^: m- L( z! h1 f

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