COVID-19检测小贴士

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COVID-19检测小贴士
/ n& o3 q- c8 ?% O4 b5 r- k; y来源：生物谷 2020-02-24 08:20
8 ]: w6 n' s" D. v5 w& m3 {为了支持新型冠状病毒（COVID-19）的检测及疫苗研发工作，美国疾病预防控制中心（CDC）和中国政府都已完成了新型冠状病毒基因组的测序并将结果提交至US NCBI GenBank®数据库 [1]。近日，IDT收到了来自世界各地研究人员关于新型冠状病毒检测试剂盒的询问，以下是部分简要说明。" v. a' h5 ~& C" ^" P/ R

+ ~: F" Y% k4 S1 h$ D美国疾病预防控制中心
% D: L6 F6 T7 t7 ?6 o
: k. r1 l) \( d8 A( b" j' y& T% `' D美国疾病预防控制中心检测试剂盒* 靶向COVID-19核衣壳蛋白基因（N-基因）上的不同位点。该试剂盒中的3组引物/探针必须与靶向人RNase P基因的内部对照同时运行。每个患者样本共需进行4次qPCR检测。. n7 O9 ]( E2 _/ p
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1.该检测试剂盒采用一步法qPCR反应（即逆转录和后续qPCR反应在同一步骤中完成）；
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2.所有3次N-基因检测只有在Cq <35时方可视为阳性结果；
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0 h& {( @# l1 G7 y- \3.RNase P内部对照反应是关键。Cq >35表示样本提取不佳，需要重复实验；1 q' b) c4 J, G) Z3 g& x
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敬请查阅最新的美国疾病预防控制中心 COVID-19 RT-PCR检测方法实验室指南，获取相关文档及实验方案。
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$ \8 v- J0 P3 K$ |) f( ~与其他检测试剂盒的比较
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* ~% S4 \- a+ [$ I: D9 m& z5 E世界卫生组织（WHO）
3 Z- g) Z' r# \
- q0 l, U! r$ w, |- c5 T世界卫生组织实验方案不同于美国疾病预防控制中心实验方案。世界卫生组织建议需进行3次qPCR反应来确认是否感染COVID-19。尽管这是一套完整的实验方案，但没有美国疾病预防控制中心检测方法来得快，因为它需要连续进行3次检测，且必须观察到阳性结果才能进行下一次检测。该实验方案按如下顺序进行检测：% q" c5 Q' E- }1 F8 r2 A& [$ ^5 ~# i

; `4 d0 B$ B$ X5 k* k5 z1.冠状病毒E-基因& z7 Y  U7 m& E/ F
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2.RdRP基因：针对SARS 冠状病毒和其他蝙蝠相关冠状病毒. ?* X, `# B0 J4 q3 {

  Z1 \  t; L6 j* V/ c) \3 `3.RdRP基因：针对COVID-19( i& A0 M( F0 p: F3 d
5 g' I! B, r, l: ~( D3 G+ t
中国疾病预防控制中心& D# @2 P* g- ^9 [9 T* U7 e; N
& ]8 n# ~3 R5 L5 u; C; B
中国疾病预防控制中心检测试剂盒建议采用2组引物/探针。第1组靶向ORF 1ab，第2组用于确认COVID-19的N-基因。3 [3 K+ i6 [, Y0 J
: |6 J5 u7 I, Z) M' g% H% b
对照组; U) N1 v% i7 u5 B3 t! p

( y; k3 t$ ^  d  K7 |+ j6 w0 E, L' [初步的电子模拟分析表明，搭配使用 IDT N-基因阳性对照组模板**与美国疾病预防控制中心检测试剂盒，与使用中国疾病预防控制中心、泰国卫生部以及HKU的引物/探针组进行类似实验获得的结果相符。当然，这是基于电子模拟研究，建议用户在自己的实验室中对所选试剂盒进行验证。" v/ w5 n! F6 F: T1 ~% A) v: `( ?

3 j5 y$ S4 M7 o- r如需了解更多信息，请登录www.idtdna.com/pages/landing/coronavirus-research-reagents
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参考文献6 m" d0 W0 F1 C! W
4 Z% ~; I3 x$ Y; U% J% m
1.(2020)2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV)， Wuhan， China. [Online] US Centers for Disease Control and Prevention. [Accessed 28 Jan 2020].
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* IDT并非、也未声称是美国疾病预防控制中心冠状病毒引物探针序列的主要、首选或推荐供应商。IDT可独立提供CDC公布的用于冠状病毒检测的引物和探针序列，订购非常方便。. U" q/ ~1 \$ b% S% G* k

8 z7 m$ H* k, ]* M** IDT对照并非由CDC设计、检测和验证，也未得到CDC或其他公共卫生机构的认可。这些对照由IDT单独设计，针对SARS、MERS和COVID-19的核衣壳蛋白全基因，是为了方便客户而提供的。如果用于解释检测结果，最终用户应进行对照验证。
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