miRNA引物

kaxdd

我要鉴定miRNA，想问下，miRNA的特异引物怎么设计。对这方面了解很少，希望大家多多指点，谢谢。

runsong

不太容易一下子讲清楚。
* Y, O$ j* z- N6 e  p1 S我们这里用所研究的miRNA的特异性颈环反转录引物分别反转录出各自miRNA的“cDNA”，同时在“cDNA”中引入通用序列。
. h" K; h- J4 \  ^) l, O再设计miRNA的特异性上游引物，连同下游通用引物做定量PCR./ V0 k& K6 i" M# {" Z+ x! R
不清楚的话再与我联系吧。

langziforever

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  Y* T+ Z& ^  C. s* D
% V, ~5 k' ^5 T8 _$ e# T9 A这个问题不知道怎么回答你，按照你的意思，应该是你已经知道了这个miRNA的序列，而你的目的是要在不同条件下检测miRNA的表达？那如果是这样的话，你要设计引物，应该是想要使用realtime PCR的方法来检测，由于miRNA太小，所以，设计引物的选择很少，所以，也相对比较简单，目前有很多商业的试剂盒可以选用，需要你可以自己去搜索一下。我搜到一个图片应该可以很好解释你引物设计的问题，一般是利用一端颈环结构的引物和另一端序列特异性的引物，使用染料法或者探针法进行检测，但这个是用在qRT-PCR上的，还有一些其他可用的策略到达对miRNA定量和检测的目的，比如northern blot、或者做RT-PCR后克隆测序的方法。$ ~9 Q& u: b% C" i) L; k

runsong

可以看看当时我发的帖子
6 R- r! S/ m8 F. w( v6 w8 Mhttp://www.stemcell8.cn/thread-35845-1-1.html
( M9 H' o. t: D' T现在我已设计了鼠与牛302a，302b，302c，302d，367，499a，34c的引物。

kaxdd

回复 runsong 的帖子
: \7 {, g2 V8 g, O
4 e( l; c( k! i8 T" S! n& m. V- g6 r我只是想鉴定一下细胞内是否有某一miRNA的表达，不用定量，是不是只做RT-PCR就可以。

runsong

回复 kaxdd 的帖子. p/ q1 _, u3 }! ~& w7 T" }

& O2 G. _3 Q3 [4 f可以，但要摸索循环数，我感觉同一miRNA在各个样品中的表达并没有质的区别，只有量的差别。

wolf1978

runsong 发表于 2011-7-11 23:00
  l- H) ~) i: e回复 kaxdd 的帖子
+ M, b0 V& @8 c( l- V4 o# B& B
3 v9 h, B7 ?9 Q1 H: O可以，但要摸索循环数，我感觉同一miRNA在各个样品中的表达并没有质的区别，只有量的差 ...

+ `# e/ L+ {" v! k8 R
同意，以RT-PCR的敏感性，含量很低都能够扩增出来的。因此对自己关心的体系最好有个参照，以达到相对定量判断的目的！