哺乳动物中Active DNA Demethylation机制

jiabiaohu

应该说哺乳动物Active DNA Demethylation研究还不是很清楚（remain elusive），所以这方面的研究最近几年很热。
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6 ~# ^. v& }" m" {* \, Q* `7 t于是有很多种基于一些植物或低等动物的实验结果，有很多种假设被提出来，最近一篇有Zhang Yi（表观遗传研究的牛人） 写的比较好的综述如：Active DNA demethylation: many roads lead to Rome. 2010, Nat Rev Mol Cell Biol 11(9): 607-620.# f5 g+ g) `8 q6 _7 P' Q, {3 c9 [
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1. AID介导的Active DNA Demethylation
" O. q, I% ^3 |" C美国科学院院士Blau, Helen M.于2010年（Bhutani, N., J. J. Brady, et al. (2010). "Reprogramming towards pluripotency requires AID-dependent DNA demethylation." Nature 463(7284): 1042-1047.）通过将人的成纤维细胞(hMEF)和小鼠的胚胎干细胞(mES)融合得到的异核体（heterokaryons）证明AID参与细胞融合过程中hMEF中Nanog和Oct4的去甲基化：RNA干扰AID后，Nanog和Oct4表达量明显下降，这与Nanog和Oct4的去甲基化程度下降相符；当过表达AID后，再RNA干扰AID时， Nanog和Oct4表达量明显增加而且去甲基化程度很明显；所以AID参与了Active DNA Demethylation 过程；提出的模型如图

2011-5-18 22:40 上传

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* X9 y: R' \  K! E8 U7 @& o0 K6 f2. Tet1 介导的Active DNA Demethylation
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还是Zhang Yi （Ito, S., A. C. D/'Alessio, et al. (2010). "Role of Tet proteins in 5mC to 5hmC conversion, ES-cell self-renewal and inner cell mass specification." Nature 466(7310): 1129-1133.）研究组发现, Tet1可以将5mC转化成5hmC（去甲基化的第一步）, 当干扰掉Tet1，会使ES细胞中Nanog启动子的甲基化程度升高，而ES细胞失去自我更新能力；而过表达Nanog却可以rescue Tet1 knock-down 的phenotypes，这些结果表明Tet1直接targets Nanog，并通过调节Nanog 的甲基化水平来调节其表达。  A# \# c/ {. ]( Q, M4 ?

" |) y6 N% e! G% Z/ \3. AID 和 Tet1介导途径的整合, }8 T6 H. \8 B, n8 l& O' F
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2011年，Johns Hopkins University 的Hongjun Song等发现AID 和Tet1两个可以整合到一起，细胞内首先通过Tet1将5mC转化成5hmC，然后5hmC在AID等的作用下转化成5hmU，最后通过碱基切除修复将5hmU变成C，最终达到去甲基化的目的；具体步骤见图所示

2011-5-18 23:04 上传

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) X7 H1 O- s8 ~% A
' k, o6 N% F5 G. @% ]
以上是鄙人对Active DNA Demethylation研究进展的一点总结，算抛砖引玉吧，希望大家多提供些线索，一些探讨探讨咯·~~~/ o+ S, h" S% Q

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jiabiaohu

回复 jiabiaohu 的帖子
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第三篇文章为cell上的。Guo, Junjie U., Y. Su, et al. (2011). "Hydroxylation of 5-Methylcytosine by TET1 Promotes Active DNA Demethylation in the Adult Brain." Cell 145(3): 423-434.
0 d" T9 M# W  b, F感兴趣的自己下载下来看下吧，我这边上传不了，不知道为什么。

jiabiaohu

回复 mcherry.f 的帖子4 D0 A, g* j8 h$ K+ W; x4 p2 A

( p/ R6 O1 H# H7 ~$ ]* oFrom the aforementioned article, it seems clear that the demethylation is initiated by Tet1 converting 5mC to 5hmC, following AID deaminate the 5hmC to 5hmU, which is substitued by the C through BER(it is confirmed by inhibiting the enzymes in the BER pathway).
1 g* h' i, k. k
. M) C+ @* [  tThe most interesting results of this article I think is integrating the AID and Tet1 to one pathway to demethylate of 5mC.
1 |' t2 _8 r& W- o4 y7 M% W0 P( I+ `" Q0 K/ |
As reviewed by Zhang Yi, there may be other means for organisms to remove the methylation modification. Anyway, 5mC---5mhC---5mhU---C will be a promising mechanism for demethylation.

jiabiaohu

回复 mcherry.f 的帖子
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/ c2 k. M) ]# G3 _1 ]  J) t# ?Yes, there are still many questions remain elusive in most areas, if not all. We just know a corner of the iceberg of life mestry.

jiabiaohu

回复 zhenhua 的帖子+ {) X4 e' o# o: Q. ~

- b/ G4 N* D3 z  P* T  _7 j) w至于最早是谁发现Tet1 参与这种转变的，我觉得应该不重要，现在关键是我们怎么样从这些已知的研究结果中理解哺乳动物细胞中主动去甲基化的机制。不知道Anjana Rao lab 在这方面有没有什么最新的重要进展，有的话，发出来大家共享下咯·~~~

jiabiaohu

回复 天使 的帖子% j0 \& k( f+ O5 Y5 y5 W* z
5 d1 v+ T( `; f" l! @
这篇文章也是Zhang Yi lab做的，比较笼统，只是说5hmC 在调节基因表达方面具有双重功能（dual function），但是未涉及甲基化的机制具体、细节性问题。5 j1 b8 I9 O! ]& V, B( t7 U. F2 y
Anyway，这篇文章进一步证实了甲基化的第一步可能是有Tet蛋白介导的将5mC转化成5hmC.