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标题: TESS-转录因子预测之利器 [打印本页]

作者: runsong 时间: 2011-9-12 21:49 标题: TESS-转录因子预测之利器

本帖最后由 runsong 于 2011-9-12 22:18 编辑 # z. A. P6 V& `0 S. d0 g: |9 A

这是一个预测转录因子在DNA序列上结合位点的网络工具，可以预测与启动子区域结合的转录因子。
我是在 tonyp0720 的介绍下用了这个网站，虽然刚刚入门，但感觉不错，希望与大家分享，也在此抛砖引玉，望老手不吝赐教，同辈交流切磋。! `" O# a6 {; ]* B3 U1 z
TESS是宾夕法尼亚大学的转录因子搜索系统  网址：http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess  $ E8 `3 |) Q4 L& m
最简单的用法如下  j) F/ j1 C! G# h, R2 Q: [, R, _
如图1：打开网址后，点击 site search
如图2：我是以CMV启动子为例说明用法，在2-1上输入序列名称；2-2上输入CMV启动子的序列；2-3中是网站保存预测结果的时间；2-4中输入你的邮箱地址，预测结果是发送到你的邮箱中的。点击 submit& o: s& N/ \, s! R  h( y
如图3：之后的界面，此时预测结果已发送到你的邮箱中，如图4.有两个链接，第一个打开网站上的结果，第二个是结果的excel版本。: u1 l0 j9 D! P# y
如图5：打开链接的界面，是预测结果的基本信息。我们一般最关心的结果在  Poisson Significance ，点击它，界面如图6。上面就列出了与CMV启动子结合的转录因子。

其实网站上还有很多功能，我只会这么一点。详细用法可见附件文章。

图片附件: [图1] 1.JPG (2011-9-12 21:32, 221.19 KB) / 下载次数 318
http://stemcell8.cn/forum.php?mod=attachment&aid=MzMxNTB8NjkzZGY1ZGJ8MTcxNDkyMTE4MHww

图片附件: [图2] 2.JPG (2011-9-12 21:32, 203.08 KB) / 下载次数 278
http://stemcell8.cn/forum.php?mod=attachment&aid=MzMxNTF8ZmI5ODkwYjJ8MTcxNDkyMTE4MHww

图片附件: [图3] 3.JPG (2011-9-12 21:33, 122.3 KB) / 下载次数 279
http://stemcell8.cn/forum.php?mod=attachment&aid=MzMxNTJ8OGQ3ZGU0OTd8MTcxNDkyMTE4MHww

图片附件: [图4] 4.JPG (2011-9-12 21:33, 147.67 KB) / 下载次数 294
http://stemcell8.cn/forum.php?mod=attachment&aid=MzMxNTN8OTc2N2IwYjF8MTcxNDkyMTE4MHww

图片附件: [图5] 5.JPG (2011-9-12 21:33, 172.01 KB) / 下载次数 281
http://stemcell8.cn/forum.php?mod=attachment&aid=MzMxNTR8MDQ1NTIxMjJ8MTcxNDkyMTE4MHww

图片附件: [图6] 6.JPG (2011-9-12 21:37, 174.01 KB) / 下载次数 293
http://stemcell8.cn/forum.php?mod=attachment&aid=MzMxNTV8MmViZjliNzN8MTcxNDkyMTE4MHww

附件: [详细用法] Using TESS to Predict Transcription Factor Binding Sites in DNA Sequence.pdf (2011-9-12 21:49, 601.03 KB) / 下载次数 192
http://stemcell8.cn/forum.php?mod=attachment&aid=MzMxNTZ8MjBiMzI5ZTZ8MTcxNDkyMTE4MHww

作者: 军医 时间: 2011-9-13 09:58

好东西

作者: fhysqweqwe 时间: 2011-12-11 17:23

希望有用

作者: goodboy 时间: 2011-12-12 01:53

好东西是好东西，之前用过，导出的结果太多了，很难取舍，如果要做的话建议用两个启动子分析软件相互印证。

作者: pharmacology 时间: 2012-4-4 14:52

好东西啊！TESS怎么选择它最有效的TF.

作者: biotly 时间: 2012-4-18 17:54

好东西~

作者: snsjw 时间: 2012-8-6 19:08

回复 runsong 的帖子* D7 b" I: P. o7 [; p

如何解读结果呢？分数多少算是高呢？

作者: 开明陆吾 时间: 2012-8-17 17:18

我顶顶顶~

作者: gmcsf 时间: 2012-9-18 16:23

回复 pharmacology 的帖子$ [! [* Z% n( u7 R) ^
3 `5 d& `$ S; A6 z3 S
是啊 TESS可以查看哪些TF是activation or inhibition吗怎么查看的

作者: gmcsf 时间: 2012-9-18 16:47

回复 runsong 的帖子$ q5 h& F9 P2 r) Q1 g, A6 l# G

请问下TESS能预测哪些TF是正调控还是负调控么？如果能怎么看？

作者: wangkunvslufei 时间: 2012-9-22 21:41

你好，能得包包么

作者: 细胞海洋 时间: 2012-9-24 08:16

回复 wangkunvslufei 的帖子 X) E ^! c: `# u5 e- G
0 h, t, |' _2 r' ?& \7 g. L
参与讨论获得积分

作者: wenzhi1120 时间: 2013-5-21 12:04

是不是还需要注册？

作者: 86964109 时间: 2013-5-27 13:47

该服务器在线预测功能已经关闭了，貌似数据包还可以下载

作者: Casey_Wan 时间: 2014-6-20 17:38

数据包下载了之后，不知道应该如何使用，头疼？

作者: Casey_Wan 时间: 2014-6-20 17:39

回复 86964109 的帖子% d7 f& _. [" J ~, _# ?5 g2 _
( h5 v& f& G4 y% a
数据包如何下载和使用呢？还可以预测吗？

作者: 86964109 时间: 2014-6-23 09:19

回复 Casey_Wan 的帖子% n' w- S# d! l/ U( T+ ^

页面右上方不是有个download么，点进去试试吧，具体的我也没用过，在线预测的话还可以用TF search网站的http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html

作者: Casey_Wan 时间: 2014-9-23 10:52

回复 86964109 的帖子4 F# V, C: T# h/ Z2 z3 S& y
4 B& h! Q+ X) w2 f. H+ [/ P
好的，谢谢你！

作者: 植物怪人 时间: 2016-2-5 11:31

回复 goodboy 的帖子( c# j, T$ e* l

谢谢楼主

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