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标题:
重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系
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作者:
Tlexander
时间:
2016-8-13 08:57
标题:
重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系
小编发现生物学家特别关系基因的表达情况，但一般而言目前的表达数据主要有两种（芯片和测序），芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低，但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了，那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢？
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# o+ q9 G* \" j p2 Y4 c" ~
[attach]79552[/attach]
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7 W/ P3 p( y- p6 N/ B% z
根据经验：
! \! J$ d- i& m3 e6 D/ c
% A, J6 l+ l4 e# v# e
0<RPKM<0.1被认为是不表达，
( Z$ `' k5 R" i E/ ?; S X( ~
0.1<RPKM<1被认为是非常低表达，
" C8 g# O8 }1 h8 c
1<RPKM<10被认为是低表达，
9 z3 ~! k4 t c$ N+ ^$ p, m
10<RPKM<100被认为是中等表达
2 g0 C* q7 q8 h8 b1 E, n
100<RPKM<1000被认为是中高表达
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1000<RPKM 被认为是高表达
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现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧，再举个例子：
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[attach]79553[/attach]
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如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达，在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中，显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症，如此以来，大家就都明白了吧。
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转自微信号：表观遗传学快讯
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