《自然》[Nature]12年6月21日出版pdf全文

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0 c. [$ A. Q7 p' X( L8 f封面故事: 牛在5000—8,000年前就被驯化
( M  s' W6 V/ RFirst dairying in green Saharan Africa in the fifth millennium BC.pdf7 d; s! r5 i! @  Z  L3 |* v
Nature 486 (7403) | doi:10.1038/nature11186
7 ~4 `9 e# h1 h3 _9 |+ Q5 I6 x一个反映被驯化的牛的岩画距今已5,000 到8,000年，是在利比亚撒哈拉沙漠Tadrart Acacus山的Wadi Imha地区发现的。类似的岩画（其中一些甚至包括挤牛奶的画面）广泛分布于该地区，说明牛在全新世期间“绿色”撒哈拉地区古人类的生活中扮演一个很大角色。岩画的时间非常难确定。然而，通过对由罗马Sapienza大学考古队从利比亚撒哈拉沙漠Takarkori石屋中发掘出的陶器内所吸收的残留食物进行同位素分析，Julie Dunne及其同事报告了考古记录中关于公元前5世纪史前非洲地区制酪业的第一个明确无误的化学证据。这些发现证实，驯化的牛以及制酪业经济是早期撒哈拉游牧生活的一部分。（摄影：Sapienza大学Roberto Ceccacci）
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“三阴性乳腺癌”的基因组研究
$ \4 P, E- s! K2 O% RThe clonal and mutational evolution spectrum of primary triple-negative breast cancers.pdf
1 s% d/ t1 q# j' h3 I5 t& v% J8 d- [ Nature 486 (7403) | doi:10.1038/nature10933
  ~4 i+ j# X, }7 KSamuel Aparicio等人从基因组角度对原发“三阴性乳腺癌”(TNBC)进行了深入观察。这类乳腺癌占所有乳腺癌的大约16%。TNBC细胞在雌激素、孕酮和表皮生长因子的受体的表达中是没有的。这项研究通过将转录组数据和版本数变异相结合，发现诊断的时候TNBC在克隆基因型的内容上发生很大的、连续的变化。这意味着，未来研究将需要考虑各个肿瘤克隆基因型。
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: C+ J+ I' s' h* c% o/ D8 w* z, Q乳腺癌中突变基因的差异# d' I5 `. B$ }, n" t
The landscape of cancer genes and mutational processes in breast cancer.pdf. }  a+ }! e# {. }& ~& Y
Nature 486 (7403) | doi:10.1038/nature11017
3 q. o: f1 P/ j( p5 H5 |对与从100名患者取样的乳腺癌相关的突变基因所做的一项分析，显示个体之间在突变数量上相差很大，从而突显了这种疾病存在很大的基因多样性。突变数与诊断的年龄和组织学分级相关联。研究人员识别出了多种突变特征，也识别出了新型癌症基因中的驱动突变。
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乳腺癌中的突变和转位3 Q% L* \/ t$ P) \
Sequence analysis of mutations and translocations across breast cancer subtypes.pdf6 B+ C7 h- b3 n# i
Nature 486 (7403) | doi:10.1038/nature11154
) M) h9 _1 J; y9 r. ^( Z3 B, n这篇论文报告了迄今为止人乳腺癌研究方面规模最大的全外显子组测序工作之一，同时还报告了22个“乳腺癌/正常细胞对”的全基因组序列。本文作者分析了来自墨西哥和越南的多种不同亚型，识别出CBFB转录因子基因中的复发性突变及其伙伴基因RUNX1的删除以及“三阴性乳腺癌”（没有雌激素和孕酮受体及ERBB2表达的乳腺癌）中富含的一种复发性MAGI3–AKT3融合。该融合导致AKT激酶的组成性活化，这种作用可通过用一种小分子抑制剂治疗来抵消。" ]3 c7 w8 c: G" n: ?4 [
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! A; k+ ?  ^/ I- L( k4 J# s9 d' ]H5N1传播中所涉及的因素( ?" Z) _* V* R6 o: Q8 C6 f/ Q6 W' N
Experimental adaptation of an influenza H5 HA confers respiratory droplet transmission to a reassortant H5 HA/H1N1 virus in ferrets.pdf
: u/ s; O& J' Y; T6 M7 e8 n' V Nature 486 (7403) | doi:10.1038/nature10831
0 f8 @2 C4 H5 Y! D- O禽流感病毒H5N1是否能够获得在人之间进行传播的能力过去并不确定。病毒血凝素蛋白(HA)介导结合到宿主特异性细胞受体上的病毒，但以前的研究表明，使得与人类受体的结合成为可能的HA的改变，不足以引起雪貂（研究人对人传播的最好动物模型）中H5N1病毒的飞沫传播。Imai等人发现，只有H5N1 HA的四个突变是使一个含有H5 HA的重配病毒能够发生“雪貂对雪貂”传播所必需的，其余的基因来自人流行性H1N1流感病毒。可能其他禽流感病毒基因还需要发生进一步改变，才能介导哺乳动物中全禽流感病毒H5N1的传播，但人H1N1 和H5N1病毒在遗传上是相容的，含H5-HA的病毒的出现也可能会造成疫情，因为人没有对H5病毒的免疫力。关于在使H5 HA适应于哺乳动物传播中所涉及的突变的知识，可能有助于对H5N1朝着具有流行能力方向的演变进行监测。
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/ X3 i7 K' \' \( N8 l乳腺癌中的基因模式- s) r8 ^" a% s9 _  [, s! O( n" W
The genomic and transcriptomic architecture of 2,000 breast tumours reveals novel subgroups.pdf
7 Y/ f* p/ a" `' V- e Nature 486 (7403) | doi:10.1038/nature10983& C( J7 n, B7 d" ~; V6 o
遗传性基因变异和获得性基因组异常都有助于乳腺癌的发生及发展。对997个原发性乳腺肿瘤中及一项确认研究中另外995个肿瘤中的版本数和基因表达所做的这项分析显示，获得性体细胞版本数异常与肿瘤中所表达的基因中40%当中的表达有关。根据体细胞版本数异常对转录组的影响，本文作者识别出了具有截然不同临床后果的新颖亚组，并开始揭示基因组异常会怎样调制亚组特异性基因网络。) w+ X/ N6 k( l' p* B$ O

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7 U0 v/ F! ^, j" r4 C. ]+ K  R肿瘤对芳香酶抑制剂的反应
$ F% E" f5 a. U& m' TWhole-genome analysis informs breast cancer response to aromatase inhibition.pdf% f. p) ?# x( M- m' N
Nature 486 (7403) | doi:10.1038/nature11143
' p+ J1 e* ]2 t, k* UElaine Mardis及其同事利用全基因组测序方法来了解来自用“芳香酶抑制剂新辅助疗法”治疗过的“雌激素受体阳性”(ER+)乳腺癌患者的组织样本的突变情况。他们识别出几个与疾病相关的突变，这些突变与肿瘤细胞组织学、增殖速度和对治疗的反应有特定关联性。这样的信息有可能被用来确定哪些患者会受益于芳香酶抑制剂疗法。
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药物不良反应的预测
* R* u8 i  o; NLarge-scale prediction and testing of drug activity on side-effect targets.pdf
. Q( L# L  `+ d5 e5 l5 C) J Nature 486 (7403) | doi:10.1038/nature11159* V: O1 g+ B3 i% ]% s% I* U, I0 C
药物的不良反应会限制本来有效的药物的临床使用，也是新药在临床试验中失败的最大原因。药物经常与一个以上的蛋白目标发生相互作用，数百种这样的蛋白已被与临床上所用治疗方法的副作用联系了起来。这项大规模计算研究预测了656种药物对已被与药物不良反应联系起来的73种蛋白目标的活性。在所测试的1042个预测结果中，大约一半被证实。其中一个预测是，肚子疼（合成雌激素“氯烯雌醚”的一个已知的副作用）是通过对COX-1的抑制介导的，这种抑制的临床相关性在“全人血小板凝聚化验”中得到证实。研究人员所采用的方法有可能被用来将最有可能失败的药物在它们进行临床试验前就排除掉。
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! G0 ?  V* V1 n9 p% d) R活性构形中Ago蛋白的结构被确定
" _- |2 N6 s' b* J4 v/ `9 \Structure of yeast Argonaute with guide RNA.pdf
7 E" Z$ q' G5 @ Nature 486 (7403) | doi:10.1038/nature11211
( }6 y) N; }2 ^执行由DNA诱导的基因沉默任务的功能性复合物，由结合到一个短单链引导RNA上的Argonaute (Ago)蛋白组成。这种复合物识别和结合一个信使RNA序列，介导RNA解理或介导其翻译的抑制。现在，偶然与非特定性引导RNA结合的Kluyveromyces polysporus的Argonaute蛋白的3.2-埃的晶体结构已被确定。原核生物和人的Ago蛋白的结构已在非活性构形中被确定，但这种酶的Ago结构是在一个活性构形中，该构形显示了其催化机制。
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