请教高人，这张图片说明什么问题啊

jiabiaohu

2011-5-8 21:47 上传

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jiabiaohu

jiabiaohu 发表于 2011-5-8 21:48

' W* E/ z9 ~2 @请问这张图片说明什么问题，用什么软件分析得来的呢？ HOMER吗？·~~~求高人指教啊

runsong

那篇文章上的呀. \* I/ F. z/ V- L- F; J

stemcell8

是不是保守序列啊

marsmouse175

学生飘过，学习学习~~

王乾

前面是转录因子，比如oct4，后面是该转录因子结合DNA的保守序列，当然保守不是绝对一成不变的，其中包括高度保守的碱基，就是字母高度比较高的，比如oct4当中的TTATG,相对保守或者说有一定可变性的，用高度比较小的字母标示比如oct4中的CAGTCAAA，一般高度越高标示该碱基保守性越高，大字母下面有小字母标示该位置可能出现的保守碱基，字母大的标示比小的出现在该位置的几率更大。这个图标告诉你这些转录因子可能的biding site，为你找某个基因启动子可能的调控因子或者某个转录因子可能调控那个基因提供一个理论参考，当然是不是真的调控还要用实验验证（强调一点，即使启动子上有完全保守的某转录因子的结合位点，该转录因子也未必真的调控该启动子，或者有多个保守位点也不一定每个都受该转录因子调控），验证最经典的几个实验是：) `8 h+ J9 _/ ?7 {& e! _
1.过表达该转录因子，看你的下游基因在RNA或蛋白水平有没有变化。) w0 I1 o* t' T% `$ S9 _. n
2.shRNA该转录因子，看你的下游基因在RNA或蛋白水平有没有变化，前两点对选择实验的细胞有一定的要求，要自己摸索。- [& t% ?( K% ^$ ]7 _. ~
3.luc验证，原理和上面的一样，只是更灵敏。
4 u$ k. c% F; B0 X: v4.EMSA体外验证，用核抽提液（该转录因子一定要表达高）或者体外表达转录因子的原核蛋白，用同位素或地高辛生物素标记你的基因启动子上保守的那段核苷酸片段来验证，具体的方法网上都有，我也做过，效果很好。
; Y3 e2 X5 W8 b$ p5.ChIP体内验证，这也是最有说服力的一个实验，这个能做出来就基本能完全说明问题了，尤其是纯内源的。
' u7 y$ _5 Q0 \; b) r6 V( u# u- M8 q; D+ T
上面是鄙人的一些拙见，希望有高人继续补充，大家一起学习。

wnavy200299

楼主把来源附件传上来，大家可以更好为你分析。: O! O) x+ [  ]! s" J1 h  T
我的理解是：这是一张基因特定位置碱基排列几率图。
% X! n6 `+ `: F/ @- K就是说：在这个位置处的碱基，其A/T/C/G出现的几率
; o" j) J. \- X" C6 o5 H2 ]是有规律的。比如：Oct-4，sox-2，nanong，smad! B3 L7 i, v4 W$ @1 }' L
这几个基因，在其起始密码子ATG（我认为的哈，没
4 ?" k0 s) d, s有原文不敢下绝对定论）的前面的-2、-3、-4、-5、. d( n" ?/ q5 i, k* l
-6、-7位（ATG的A为+1，ATG的前一位为-1位），* B6 L" x# I0 |" n3 [/ h
A/T/C/G出现的几率是有规律的，即：-2、-3、-4、-5、
- B) E( w- p7 T8 E% P-6、-7位出现TGTTAC的几率大（当然，Smad有点稍( ]  E9 t+ T6 B# O1 ]: ?
不一样，为TGTTTC）。, w) d- F5 s- D$ X7 n

1 h+ j- i' F+ ^2 K6 k% M其余的我分析了一下，n-myc和c-myc规律性很强外，
2 H( H7 I' i+ A* h- u/ L& E其余的规律性不强，只能就单个基因而言有其自身的
" ^5 R; m" o* @! Q: g规律性！！
$ A3 A3 M4 _  L3 L
8 _& }9 A1 p, s7 F  E/ b祝你好运！ Good Luck！！6 N- g& M5 {2 m) G5 J2 s

2011-5-8 23:08 上传

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hndxws

同意地板的意见。这是转录因子的binding site的序列。

hany2007

把原文最好发上来

jiabiaohu

回复 wnavy200299 的帖子& h; F8 |2 E( z) z1 |; R
. k; d7 [9 s4 s$ q' l0 U  l
谢谢指点咯·~~  原文见附件。从文章来看，这个确实是binding sites 分析结果。