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BLAST：Basic Local Alignment Search Tool，基本的基于局部对准的搜索工具；一种快速查找与给定序列具有连续相同片断的序列的技术。' A- \. c- B/ e+ |: v
Entrez：美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。
8 s* d0 a) E2 M3 `% zNCBI：美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information），1988年设立，为美国国家医学图书馆（NLM）和国家健康协会（NIH）下属部门之一。提供生物医学领域的信息学服务，如世界三大核酸数据库之一的GenBank数据库，PubMed医学文献检索数据库等。. |( N# ]) n6 P0 M
Conserved sequence：保守序列。演化过程中基本上不变的DNA中的碱基序列或蛋白质中的氨基酸序列。# I1 y/ `8 G- _
Domain：功能域。蛋白质中具有某种特定功能的部分，它在序列上未必是连续的。某蛋白质中所有功能域组合其起来决定着该蛋白质的全部功能。 z1 c: Q) W6 n: e* R
EBI：欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）。1 J* B* z$ F. a2 B! U+ D$ q
EMBL：欧洲分子生物学实验室（uropean Molecular Biology Laboratory）。6 p; i' R9 \0 g9 }9 k
GenBank：由美国国家生物技术信息中心提供的核酸序列数据库。% a) [5 x$ N$ x7 X, `
Gene：基因。遗传的基本的物理和功能单位。一个基因就是位于某条染色体的某个位置上的核苷酸序列，其中蕴含着某种特定功能产物（如蛋白质或RNA分子）的编码。+ c; W4 j9 [: M, v* P5 {
DUST：A program for filtering low complexity regions from nucleic acid sequences.
) O: }6 ~% a$ \' mGene expression：基因表达。基因中的编码信息被转换成行使特定功能的结构产物的过程。 P/ X2 M; P( |, a( G$ k
Gene family：基因家族。一组密切相关的编码相似产物的基因。
C- b [7 p% ^- U+ U U# U* CGene mapping：基因作图。对DNA分子（染色体或质粒）中基因的相对位置和距离进行确定的过程。7 y* r0 h8 I7 j
Genetic code：遗传密码。以三联体密码子形式编码于mRNA中的核苷酸序列，决定着所合Genomics：基因组学。从事基因组的序列测定和表征描述，以及基因活性与细胞功能关系的研究。* o6 o+ Q7 W% p6 V
HGMP：英国剑桥的人类基因组绘图计划（Human Genome Mapping Project）。
. o; F. L: f* f( B7 yInformatics：信息学。研究计算机和统计学技术在信息处理中的应用的学科。在基因组计划中，信息学的内容包括快速搜索数据库方法的开发、DNA序列信息分析方法的开发和从DNA序列数据中预测蛋白质序列和结构方法的开发。
0 x1 u, t, e" G" r2 O0 YPhysical map：物理图谱。不考虑遗传，DNA中可识别的界标（如限制性酶切位点和基因等）的位置图。界标之间的距离用碱基对度量。对人类基因组而言，最低分辨率的物理图谱是染色体上的条带图谱；最高分辨率的物理图谱是染色体中完整的核苷酸序列。
0 n5 X) p& z$ E5 wPromoter：启动子。DNA中被RNA聚合酶结合并从此起始转录的位点。
+ p/ ^8 ?* w& K; `" ]Proteome：蛋白质组。一个基因组的全部蛋白产物及其表达情况。
! W& k" E: p/ i+ w* X F7 X6 x- b5 tRegulatory region or sequence：调控区或调控序列。控制基因表达的DNA碱基序列。
9 k0 f# |: a. yRibosomal RNA：核糖体RNA。简写为rRNA。是一组存在于核糖体中的RNA分子。8 D# l7 ] e6 Z, ~. I3 x: Y
Sequence tagged site：序列示踪位点，简写为STS。在人类基因组中只出现一次的位置和序列已知的长约200到500bp的短DNA序列片断。由于可以通过PCR检测到，STS在将来源于许多不同实验室的基因图谱和测序数据进行定位和定向时非常有用，并且STS在人类基因组的物理图谱中也具有界标的作用。表达的序列标签（ESTs）就是那些得自cDNAs的STSs。
! M+ o# X& W" J! ISingle-gene disorder：单基因病。由单个基因的等位基因的突变所导致的遗传病(如杜兴肌营养不良和成视网膜细胞瘤等)。; Y8 r; I$ c; f1 }2 w
UniGene：美国国家生物技术信息中心提供的公用数据库，该数据库将GenBank中属于同一条基因的所有片断拼接成完整的基因进行收录。
7 C: a- j7 y w8 v非蛋白质编码区：非蛋白质编码区（“Junk”DNA）占据了人类基因组的大部分，研究表明“Junk”是许多对生命过程富有活力的不同类型的DNA的复合体，它们至少包括以下类型的DNA成份或由其表达的RNA成分：内含子（intron）、卫星（Satellite）DNA、小卫星（minisatellite）DNA、微卫星（microsatellite）DNA、非均一核RNA（hmRNA）、短散置元（short interspersed elements）、长散置元（long interspersed elements）、伪基因（pseudogenes）等。除此之外，顺式调控元件，如启动子、增强子等也属于非编码序列。0 ] Z. {/ ^0 e0 P9 m
双重序列对比：两序列间的对比分析。最常见的方法为Needle-Wunsch方法。能够利用的软件如BLAST、FASTA等。( V: E( E0 n1 V- ` b' Z( V
Autosome：常染色体。与性别决定无关的染色体，人双倍体染色体组含有46条染色体，其中22对常染色体，一对与性别决定有关的性染色体（X和Y染色体）。" z( r' r7 U+ w/ n H3 K
sex chromosome.：包括序列（核酸与蛋白）搜索，结构比较，结构预测，蛋白质域，模体（Motif ），测序，发育与进化分析，双向电泳成像分析，质谱蛋白质鉴定，三维蛋白结构模建与成像，基因组图谱比较，基因预测，非编码区功能位点识别，基因组重叠群集装，后基因组功能分析，结构基因组学以及药物基因组学等等。
2 _/ J1 P, B( q: i5 S/ Y在BLAST2.0，2.05新版中启用了gapped BLAST、PSI-BLAST 和PHI-BLAST。gapped BLAST是比原BLAST 更灵敏更快的局部相似联配（俗称局部同源）搜索法；PSI- BLAST用迭代型的剖面打分算法，每次迭代所费时间与前者相同，它可检索弱同源的目标；PHI-BLAST 98年刚出台，是模体（Motif ）构造与搜索软件，是更灵敏的同源搜索软件。例如线虫的CED4是apoptosis 的调控蛋白，含有涉及磷酸结合的P 环模体，在各种ATP 酶和GTP 酶中可发现。在用gapped BLAST搜索NR数据库时，CED4仅跟人凋亡调控蛋白Apaf-1显著同源或相似（其中含有P-loop保守区）。但PHI- BLAST搜索，另有一个显著同源（E=0.038 ）目标，是植物抗病蛋白Arabidopsis thaliana T7N9.18，证实此动物与植物蛋白确实在apoptosis 中有相似的功能。另有，按PHI- BLAST搜索在MutL DNA修复蛋白中的ATP 酶域，II型拓扑异构酶，组氨酸激酶和HS90家族蛋白，发现一个新的真核蛋白族，共有HS90型ATP 酶域。再有在古核tRNA核苷酸转移酶中发现核苷酸转移酶域，在细菌DNA 引物酶的古核同源体中发现螺旋酶超家族II的模体VI。用以往的搜索法这些是得不到的。 |
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发表于 2011-3-23 11:03
发表于 2011-3-23 14:15
