大家能不能来说说生物信息学在你们研究中的作用？

farui

我个人有两个想法供你参考
. \2 K. W9 g. O& `1，你可以用你现有的数据，作differential expression分析，如果你的数据足够新颖，你可以从中挖掘有用的信息，比如比对以前的文献，有没有新的microRNA出现在你的结果里；4 I( v( h, \. k) N# G( X7 g
2，你可以在公共的数据库，比如NCBI的GEO里找和你的实验相同的mRNA和microRNA同时的数据，然后一起分析；
' D: a5 |+ a. Y1 L) u* i再不行，我就不知道了，从新实验？。。。。

embryonic12

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4 m" b2 J) i1 B3 y& ~& q8 k0 S" A+ _$ y$ B3 J
靶基因预测来了，你会做kegg通路富集吗？

farui

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* J- O- c: c2 a) g0 n8 h# s5 l" X( v
做pathway enrichment分析的数据库，免费的，我知道有两个比较好，一个是你说的KEGG，一个是Reactome，据我所知，现在大家比较偏向使用Reactome。很多软件，比如Bioconductor和Cytoscape都有与KEGG和Reactome的接口，使用很方便。
' h- {$ P! t1 ~9 L8 A4 n' V3 b+ Z/ @0 i! L% D0 |* J) `
你可以看下面这个教程，如果使用Bioconductor中的ReactomePA包
" j4 [1 f- @0 jhttp://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ReactomePA/inst/doc/ReactomePA.html! V  B3 Q1 w* z
& a$ h+ `' t3 T& @1 c( F/ f7 _& q
商用的数据库，我知道的只有Elesvier开发的Pathway Studio

embryonic12

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7 Z" q+ i/ R* q& V, G- Z* J3 C; m9 m" ?* B& z: K' c& ?
谢谢！

farui

回复 embryonic12 的帖子, s  i( s. D. i2 q8 d7 D
. k- f4 `/ k+ D* O& e2 o2 z# r
不客气