miRNA引物

kaxdd

我要鉴定miRNA，想问下，miRNA的特异引物怎么设计。对这方面了解很少，希望大家多多指点，谢谢。

runsong

不太容易一下子讲清楚。
/ a# _" r" D+ P8 D5 q我们这里用所研究的miRNA的特异性颈环反转录引物分别反转录出各自miRNA的“cDNA”，同时在“cDNA”中引入通用序列。8 a2 A! O6 A- k
再设计miRNA的特异性上游引物，连同下游通用引物做定量PCR.
8 W2 g5 D2 P' r, H- B  o0 F不清楚的话再与我联系吧。

langziforever

回复 kaxdd 的帖子. C( D  G$ ?$ y6 C+ V
2 w1 E# r$ j( L" ^
这个问题不知道怎么回答你，按照你的意思，应该是你已经知道了这个miRNA的序列，而你的目的是要在不同条件下检测miRNA的表达？那如果是这样的话，你要设计引物，应该是想要使用realtime PCR的方法来检测，由于miRNA太小，所以，设计引物的选择很少，所以，也相对比较简单，目前有很多商业的试剂盒可以选用，需要你可以自己去搜索一下。我搜到一个图片应该可以很好解释你引物设计的问题，一般是利用一端颈环结构的引物和另一端序列特异性的引物，使用染料法或者探针法进行检测，但这个是用在qRT-PCR上的，还有一些其他可用的策略到达对miRNA定量和检测的目的，比如northern blot、或者做RT-PCR后克隆测序的方法。
8 q4 h9 j* k0 C% @0 t/ k

runsong

可以看看当时我发的帖子
$ f$ r3 N& \, w3 D. w5 r( phttp://www.stemcell8.cn/thread-35845-1-1.html
" P0 n7 M6 I; f  S! Z) L现在我已设计了鼠与牛302a，302b，302c，302d，367，499a，34c的引物。

kaxdd

回复 runsong 的帖子
0 e1 f! r- w4 o, m$ Z: K# B9 ?: D( F* T& \
我只是想鉴定一下细胞内是否有某一miRNA的表达，不用定量，是不是只做RT-PCR就可以。

runsong

回复 kaxdd 的帖子/ _1 a5 y6 f7 M, u2 z
2 E: \, W' b* s- ]- {- `+ h
可以，但要摸索循环数，我感觉同一miRNA在各个样品中的表达并没有质的区别，只有量的差别。

wolf1978

runsong 发表于 2011-7-11 23:00
+ _8 v+ G5 Y) f0 |* B3 e. A0 D6 u6 {回复 kaxdd 的帖子
. [, p3 i: `4 w0 H8 ?9 |5 Z# r6 ?  v5 t1 ]9 t  [$ ~" C/ M) B& j
可以，但要摸索循环数，我感觉同一miRNA在各个样品中的表达并没有质的区别，只有量的差 ...

' ]  N! l. n. L. _3 S
同意，以RT-PCR的敏感性，含量很低都能够扩增出来的。因此对自己关心的体系最好有个参照，以达到相对定量判断的目的！